Dezinfekcija (lat. desinfectio) označava postupke usmjerene na uništenje najvećeg broja neželjenih mikroorganizama. U tu svrhu se koriste fizikalna i hemijska sredstva. Tim se postupkom uništava, inhibira ili uklanja i ostala populacija organizama.

Primjenjuje se u vanjskoj sredini (tlu, vodi, zraku, na predmetima i u prostorijama zdravstvenih ustanova, tvornica prehrambenih proizvoda i dr.) Važna je činjenica da se dezinfekcijom ne moraju uništiti i bakterijske spore. Sunčevom svjetlošću, te procesima taloženja, filtriranja i razrjeđivanja provodi se dezinfekcija u prirodi. Danas je djelatnost zdravstvenih ustanova nezamisliva bez primjene antiseptičkih postupaka i novih dezinfekcijskih sredstava.

Ukoliko je cilj potpuno uništenje svih živih organizama (uključujući viruse i spore), govori se o sterilizaciji.

Dezinfekcija se najčešće provodi mehaničkim, fizičkim i hemijskim postupkom.